【沿革】
民國34年 抗戰勝利後，成立「金門縣衛生院」於金城鎮模範街。
民國38年 因停止縣治而撤銷，一度由民間慈善團體改辦為平民診所，未幾復納入行政公署，改稱為「金門衛生事務所」。
民國39年 又改為「金門公醫事務所」。
民國42年 隨縣治恢復，設福建省「金門縣衛生院」於金城。
民國45年 遷至金湖鎮新市里。
民國81年 戰地政務解除，同年12月7日奉准成立「金門縣立醫院」。
民國94年10月1日 金門縣立醫院改制為「行政院衛生署金門醫院」。
民國102年7月23日 奉核改為「衛生福利部金門醫院」。


【特色】
※金門地區唯一之醫院
※致力於急、重症醫療
※服務小三通台商及來金門觀光旅客的健康及醫療照護
※傳染病治療在地化


【現況】
※服務科別
內科（心臟科、腸胃科、腎臟科、感染科、新陳代謝科、胸腔內科）、外科、婦產科、兒科、骨科、泌尿科、神經科、神經外科、眼科、耳鼻喉科、復健科、精神科、家庭醫學科、皮膚科、麻醉科、牙科、急診醫學科，放射診斷科、共18科醫療服務
※特殊服務
特殊需求者牙科醫療服務中心、兒童發展復健中心、心臟血管照護中心、人工生殖、透析中心、體外震波碎石中心


【重要大事紀】
民國79年 興建醫療大樓（門診大樓），同年評鑑為「地區綜合醫院」。
民國88年 烈嶼院區醫療大樓興建完工
民國90年7月1日 成立烈嶼院區門診部，開辦門診及急診醫療
民國93年4月1日 烈嶼院區開辦復健業務，提供物理治療
民國94年1月 臺北榮民總醫院承作IDS計畫，支援金門醫療。
民國95年11月 急重症大樓（太湖樓）啟用。
民國99年3月 烈嶼院區開辦血液透析業務
民國99年10月 綜合醫療大樓及精神科大樓動土。
民國101年10月31日 通過中度級急救責任醫院認證。
民國101年12月 地區醫院評鑑合格。
民國102年1月 精神科大樓正式啟用。
民國102年3月 啟動醫中計畫。
民國103年6月 綜合醫療大樓正式啟用。
民國103年7月9日 金門醫院首次執行器官捐贈手術。
民國104年11月20日 金門醫院三方共同經營簽約揭牌
民國104年12月11日 通過人工生殖機構認證
民國105年10月5日 金門醫院第一例人工生殖寶寶誕生。
民國106年1月 通過地區醫院評鑑
民國106年11月 母嬰親善績優醫療院所
民國108年4月30日 綜合式長照機構正式啟用。
民國108年7月17日 開辦化學治療正式啟用。



【重大儀器】
民國104年11月20日 心導管室開幕典禮
民國105年6月28日 磁振造影掃描儀啟用
民國106年12月7日 體外震波碎石機啟用